有学者认为妨害传染病防治罪与以危险方法危害公共安全罪之间是法条竞合的关系，论者将这种竞合区分为两种情况：一是《意见》规定的“确诊的新冠肺炎病人、病原携带者和新冠肺炎疑似病人”这三类特殊主体，实施了妨害传染病防控措施的行为，但其未进人入公共场所或公共交通工具，却引起了病毒传播或者传播危险的，这种情况虽然也危害了公共安全，但不符合《意见》规定的“主体＋行为＋结果”的限制要求,因此不构成以危险方法危害公共安全罪，但可以构成妨害传染病防治罪。这种情况属于特别罪名(妨害传染病防洽罪）与一般罪名(以危险方法危害公共安全罪)之间的竞合，适用“特别法条优于一般法条”的原则。二是如果行为人实施了符合妨害传染病防治罪犯罪构成的行为,虽不符合《意见》对以危险方法危害公共安全罪“主体＋行为”的限制要求，但能够证实其故意传播新冠病毒的行为造成了他人重伤、死亡等严重后果，即同时危害了公共安全，这种行为也应构成以危险方法危害公共安全罪,属于法条竞合。根据罪刑相当原则，应适用“重罪优于轻罪”，按照以危险方法危害公共安全罪定罪处罚。
笔者认为：上述观点值得商榷：第一、将两个罪名的关系定位于法条竞合是对法条竞合的误读。具体而言，区分二者的实质标准有二，一是法益的同一性，侵犯两种以上法益的情形是想象竟合而不是法条竞合，二是不法的涵摄性，在涉及的两个法条之间，如果选择适用其中一个便可以充分评价犯罪行为的所有不法内容，就是法条竞合;而选用任何一个罪名都无法对犯罪行为进行充分评价的，便是想象竞合。据此，由于妨害传染病防治罪侵犯的主要法益是国家对传染病防洽的管理制度或管理秩序，此外还包括他人的生命健康，所以本罪与以危险方法危害公共安全罪在侵犯法益上不具有同一性。妨害传染病防治行为危害公共安全时,既体现出危害公共卫生秩序的一面又有危害公共安全的一面，因此,单独适用任一罪名均无法完整评价犯罪行为的特性。综上所述，妨害传染病防治罪与以危险方法危害公共安全罪之间是想象竞合而非法条竞合，准确区分有助于二者之间的罪名适用和刑罚裁量。
第二、上述观点混淆了两个罪名的界限。对二者需要从两个方面进行 区分：一是行为是否达到直接危害“公共安全”的程度。二是主观罪过形态是故意或过失。上述两种方式也体现出行为危害性的本质差别， 由于以危险方法危害公共安全罪是危害公共安全类犯罪的兜底性罪名，其行为危险性应与放火、爆炸、投放危险物质等方式具有相当当性，司法实践中应加以必要限制，在传播对象上，如果仅是与特定人进行接触，而不是与不特定多数人接触，一般不宜认定为危害公共安全。